Comptabilité pour médecins et cliniques à Porto
Pour qui ?
Médecins et dentistes exerçant à leur compte, médecins cumulant une activité hospitalière et une activité libérale, cabinets médicaux, cliniques et cabinets de consultation, ainsi que d'autres professionnels de santé — psychologues, infirmiers, kinésithérapeutes et thérapeutes. Nous sommes basés à Porto et travaillons avec des clients dans tout le pays.
TVA : exonérée, mais pas totalement
Les prestations fournies dans le cadre de l'exercice des professions de médecin, de dentiste, de psychologue, d'infirmier et d'autres professions paramédicales sont exonérées de TVA (article 9, paragraphe 1, du Code de la TVA). Il s'agit d'une exonération qui ne donne pas droit à déduction : la TVA payée sur le matériel, les travaux et les loyers n'est pas récupérable.
Le médecin, à titre individuel, ne peut renoncer à cette exonération. La renonciation est possible pour les cliniques et autres établissements de santé (article 9, paragraphe 2), pour les services qui ne relèvent pas d’accords avec l’État dans le cadre du Service national de santé, et elle impose de rester au moins cinq ans dans le régime choisi (article 12). On compare la TVA que la clinique va désormais percevoir avec la TVA qu’elle va récupérer sur l’investissement — et la décision se prend sur la base des chiffres. Nous expliquons cette règle en détail dans l’article consacré à la renonciation à l'exonération de la TVA dans les cliniques.
L'exonération s'applique aux soins de santé. Les actes sans finalité thérapeutique — comme certains actes de médecine esthétique, par exemple — et la vente de produits sont soumis à la TVA ; lorsque la même personne ou la même clinique exerce à la fois des activités exonérées et des activités soumises à la TVA, il convient de séparer la TVA déductible.
Impôt sur le revenu (IRS) pour les travailleurs indépendants : régime simplifié ou comptabilité organisée
La médecine figure dans la liste des activités visées à l'article 151 du Code de l'impôt sur le revenu (IRS). Dans le cadre du régime simplifié, qui s'applique jusqu'à 200 000 € de revenus par an, l'IRS est dû sur 75% du montant facturé. Mais il y a une condition : 15% du chiffre d'affaires doit être justifié par des dépenses liées à l'activité — loyers, salaires, factures transmises via e-fatura, cotisations sociales — et le montant manquant est ajouté au revenu (article 31, paragraphe 13).
Avec une comptabilité organisée, on paie sur le bénéfice réel : cela vaut le coup lorsque les dépenses dépassent 25% du chiffre d'affaires, ce qui est le cas lorsqu'on dispose de son propre cabinet, d'assistants ou d'équipements coûteux. Vous pouvez comparer les deux régimes à l'aide du simulateur du régime simplifié ou de la comptabilité organisée.
Lorsque le client est une clinique ou un hôpital disposant d'une comptabilité bien organisée, les reçus font l'objet d'une retenue à la source de 23%. Les personnes qui prévoient de facturer moins de 15 000 € par an peuvent demander une dispense de retenue.
Hôpital et consultations privées au cours de la même année
Le salaire versé par l'hôpital (catégorie A) et les prestations déclarées sur des reçus verts (catégorie B) sont cumulés dans la même déclaration d'impôt sur le revenu (IRS) et sont imposés aux mêmes taux. La réduction du coefficient au cours des deux premières années d'activité ne s'applique pas aux personnes qui perçoivent également un salaire, et les cotisations sociales liées aux prestations indépendantes peuvent être exonérées lorsqu'elles sont cumulées avec un emploi salarié, dans certaines limites de revenus. Avant de démarrer votre activité, nous calculons le montant définitif de l'IRS — vous pouvez effectuer une simulation sur le simulateur d'impôt sur le revenu.
Société de médecins et transparence fiscale
Une société dont tous les associés sont médecins, constituée pour exercer la médecine, est une société de professionnels et relève du régime de transparence fiscale (article 6 du Code de l'IRC) : elle ne paie pas d'IRC, et les bénéfices sont imputés aux associés, qui les déclarent dans leur déclaration d'impôt sur le revenu (IRS) — même s’il n’est pas distribué. Une société dont les associés ne sont pas médecins, ou une clinique exerçant d’autres activités, est soumise à l’IRC comme n’importe quelle entreprise. Pour plus de détails, consultez l’article sur transparence fiscale.
Travailler à son compte, au sein d'un cabinet libéral ou dans une clinique dotée d'un numéro d'identification fiscale (IRC) entraîne des conséquences très différentes selon les revenus, ce que l'on souhaite retirer de l'entreprise et le montant de l'investissement. Nous effectuons ce calcul avant de créer la société.
Les données des patients
Le fichier SAF-T de facturation contient le nom et le numéro d'identification fiscale de chaque patient. Nous ne demandons que les informations nécessaires à la comptabilité, et les documents sont conservés dans notre espace client, dont l'accès est réservé aux personnes chargées de votre comptabilité.
Comment nous travaillons
- Contexte. Nous voyons aujourd'hui quel montant est facturé, à qui et quelles sont les dépenses associées — et nous choisissons le régime applicable en matière de TVA, d'impôt sur le revenu des personnes physiques (IRS) ou d'impôt sur les sociétés (IRC), ainsi qu'en matière de sécurité sociale.
- Tous les mois. Envoyez vos factures et vos relevés via l'espace client ; nous les enregistrons, les rapprochons et nous nous chargeons des déclarations.
- À la fin de l'année. IRS ou formulaire 22 et IES, avec les calculs effectués avant le dépôt.
La comptabilité et les déclarations sont signées par un expert-comptable agréé inscrit à l'Ordre des experts-comptables agréés (voir Informations légales). Les règles décrites ici sont celles de 2026 ; le cadre applicable à chaque cas est toujours confirmé lors de la première réunion.
Questions fréquentes
Le médecin doit-il facturer la TVA sur ses consultations ?
Non. Les soins de santé dispensés par des médecins sont exonérés de TVA. Les actes sans finalité thérapeutique et la vente de produits sont soumis à la TVA.
Puis-je récupérer la TVA sur le matériel du cabinet médical ?
En tant que particulier, non : l'exonération ne donne pas droit à la déduction. Une clinique qui renonce à l'exonération commence alors à facturer la TVA et à récupérer ce qu'elle paie, et elle est tenue de rester dans ce régime pendant au moins cinq ans.
Est-ce que ça vaut le coup de créer une société ?
Cela dépend des revenus, des dépenses et de ce que vous souhaitez retirer de la société. Une société composée uniquement de médecins relève du régime de transparence fiscale et les bénéfices sont imposés au titre de l'impôt sur le revenu des associés ; c'est pourquoi nous faisons le calcul avant de prendre une décision.
Quelles dépenses sont prises en compte dans le cadre du régime simplifié 15% ?
Les cotisations sociales (ou la déduction spécifique, si celle-ci est supérieure), les salaires versés, les loyers du cabinet, les factures liées à l'activité déclarées via e-fatura et, si le cabinet vous appartient, 1,51 TP45T de la valeur patrimoniale.
Travaillez-vous avec des cliniques situées en dehors de Porto ?
Oui. Les documents sont transmis via l'espace client et les réunions peuvent se dérouler par visioconférence.
Autres secteurs : Immobilier · Hébergement chez l'habitant · Restaurants et cafés · Commerce · Architectes, ingénieurs et consultants.

Saviez-vous que...
Prévention des fuites de données.
Saviez-vous que chaque fois que vous envoyez le fichier SAF-T de vos prestations à votre comptable, vous lui envoyez toute votre base de données de patients ?

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